自毛植毛は自分の髪を移植する確実性の高い治療法ですが外科手術である以上リスクはゼロではなく術後の仕上がりや傷跡に関するトラブルは深刻な精神的ダメージをもたらすことがあります。最も多いトラブルの一つが「不自然なデザイン」であり生え際のラインを一直線にしすぎたりおでこを狭くしすぎたりした結果まるでカツラを被っているような人工的な見た目になってしまい人前に出るのが恥ずかしくなってしまうケースです。また既存の髪の毛の流れや密度を無視して移植すると不自然な毛束感が目立ったり逆にスカスカに見えたりすることもあります。さらにFUT法などのメスを使う手術では後頭部に線状の傷跡が残り短髪にすると傷が見えてしまうためヘアスタイルの自由度が奪われるという悩みも聞かれます。最近主流のFUE法でも採取部分が虫食い状態になり密度が減って透けて見えるリスクがあります。そして術後に移植した周辺の既存の髪が一時的に抜ける「ショックロス」という現象も患者にとっては予期せぬトラブルとして大きな不安材料となります。これらの失敗を防ぐためにはクリニック選びにおいて「安さ」や「株数」だけで選ぶのではなく医師の技術力とデザインセンスを重視することが極めて重要です。症例写真を細部まで確認し自分の理想に近い仕上がりを実現している医師を指名したりカウンセリングでリスクやデメリットについて隠さずに説明してくれる誠実な医師を選んだりする慎重さが求められます。一度手術をしてしまうと元に戻すことは非常に困難であり修正手術にはさらなる費用と身体的負担がかかるため「一生モノの手術」であるという認識を持ち安易な決断を避けて徹底的にリサーチを行うことが後悔しないための唯一の防衛策です。また状態が安定してきたら高額な発毛治療から安価な維持療法（フィナステリド単剤など）へ切り替えたりジェネリック医薬品を活用したりしてランニングコストを下げる工夫も必要です。医師と相談して「減薬プラン」を立てることも可能です。